基因集（Gene Set ），簡稱GSVA，是麻省理工學(xué)院和哈佛研究團隊于2005年發(fā)表在Proc Natl Acad Sci US A.上提出的一種基因功能富集方法，已被引用超過20000次。它可以說是基因富集分析的常用工具[1]。同時mac可視化軟件安裝工具，GSEA官網(wǎng)還提供了可視化的軟件平臺和mac平臺，只需點擊鼠標(biāo)即可完成。

雖然官方提供了圖形界面的軟件，但是作為新手，你會遇到以下問題：

1. 軟件需要配置JAVA環(huán)境（初學(xué)者半天不行）；

2.純英文界面，參數(shù)選擇較多（對盛信小白不夠友好）；

3. 電腦性能要求高（筆記本或低配置容易卡死）；

4. 分析結(jié)果不美觀，需要用R語言重新可視化（對初學(xué)者編程要求較高）。

考慮到以上問題，我們在開發(fā)過程中綜合以往項目的經(jīng)驗，結(jié)合以上問題設(shè)計了兩款小工具。小伙伴們只需要準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)并導(dǎo)入到中就可以達到同樣的效果。

從分析到繪圖，只需點擊鼠標(biāo)即可完成。了解中文友好的界面。

快來和小編一起學(xué)習(xí)工具

網(wǎng)站導(dǎo)航

單擊“GSEA 簡單分析工具”和“GSEA 結(jié)果可視化工具”

1、GSEA 簡單分析工具

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該小部件默認支持三種類型的 GSEA 分析（樣本分組、基因排序和基因分組）。三種模式的輸入文件如下圖所示。

1. 根據(jù)樣本分組和基因表達譜執(zhí)行 GSEA 分析。在這種模式下，需要輸入兩個文件。第一個文件是樣本的表達矩陣mac可視化軟件安裝工具，第二個文件是樣本的分組文件。分組排列，默認支持兩組間的富集分析。

2. 根據(jù)表達譜中基因的表達水平進行分組，然后進行 GSEA 分析。

3. GSEA 分析是在根據(jù)特定基因的表達水平排序后進行的。輸入文件包含兩列，第一列是基因名稱，第二列是基因表達水平。

4. 輸出結(jié)果，這里得到的結(jié)果和GSVA得到的結(jié)果一樣軟件

5. 選擇結(jié)果：將分析結(jié)果下載保存到本地，用瀏覽器打開，根據(jù)自己的需要選擇感興趣的通道進行可視化（前提是必須先了解GSVA軟件結(jié)果的操作），如下圖所示。

2、GSEA 結(jié)果可視化器

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1. 輸入文件是前面GSEA操作的結(jié)果和需要可視化的通路，如下圖所示。

2. 結(jié)果目錄：默認目錄在個人中心，如下圖。

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1.如果數(shù)據(jù)以文件格式導(dǎo)入云平臺，平臺默認無法讀取Excel中的數(shù)據(jù)，必須將Excel文件轉(zhuǎn)換為制表符分隔的文本文件，否則小工具將無法讀取能夠運行。

2.從本地上傳文件到網(wǎng)站時，需要注意文件名只能用字母、數(shù)字或下劃線命名，不能用空格等特殊字符命名，否則會上傳失敗。

[1] A、P、VK 等人?；蚣篴-based for-wide。Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545‐15550. doi: 10.1073/pnas.